Nofretete ist die auserwählte Ehefrau von Amenophis III. Von diesem wurde sie als Säugling aus dem reißenden Nil gefischt, in dem ihre Eltern auf der Flucht vor den Häschern des Nubierkönigs Supilul starben. Nofretete wuchs bei Hofe und an der Seite von Amenophis‘ Sohn Echnatons auf. Nach Amenophis‘ Herztod heiratet die 25-Jährige aus Pflichtgefühl ihrem Land gegenüber dessen gleichaltrigen Thronnachfolger, den jungenhaft schönen Echnaton, mit dem Nofretete eine kinderreiche und arrangiert glückliche Ehe führt. Auch wenn es Nofretete zu schaffen macht, dass sie ihre Herkunft nicht kennt, realisieren Nofretete und Echnaton ihre Visionen von einem modernen Ägypten. Es kommt zu einer Erneuerung der Künste und des Glaubens. Doch Echnatons Verehrung des Sonnengottes Aton kollidiert mit den althergebrachten Riten der Hohepriesterin des Amun, Eje, die um ihren Einfluß fürchtet. Nofretete verliebt sich in den Maler und Gelehrten Thutmosis, der nicht nur zu ihrem Geliebten wird, sondern auch zu einem Freund und Vertrauten Echnatons. Eje sieht darin die Chance, sich der Bedrohung ihrer Religion mit einer Erpressung zu entledigen. Doch dies mißlingt. Als Echnaton die Pläne, die neue Hauptstadt Achetaton für den Sonnengott Aton auf einem vom alten Glauben unberührten Boden zu bauen, wendet sich Eje an den als Eroberer gefürchteten Nubierkönig Supilul, um Nofretete und Echnaton vom Thron Ägyptens zu verjagen. Diesen will Eje selbst einnehmen. Der amuntreue Supilul verspricht der Hohepriesterin zunächst, das ketzerische Ägypten zu unterwerfen. Dazu wendet er eine List an, an der auch Nofretetes bislang unbekannter Bruder Ahmosis beteiligt wird. Ahmosis führt einen Hebräerstamm an, der in Supiluls Land in Gefangenschaft lebt. Diesen bietet Supilul Nofretete für den beschleunigten Bau von Achetaton an. Nofretete aktzeptiert; glücklich, dadurch und über Ahmosis mehr über sich und ihre Herkunft zu erfahren. Aber wird Supilul Eje als Pharaonin einsetzen? Denn der Nubierkönig ist ebenfalls fasziniert von der Anmut Nofretetes. Als Nofretete und Thutmosis am allerwenigsten damit rechnen, entdeckt Echnaton, dass er von beiden betrogen wird. Er erteilt Thutmosis einen besonderen Auftrag: Die Erschaffung einer Büste seiner Frau.
Supiluls List geht auf: Brandanschläge stürzen Ägypten in Unruhen. Der Volksstamm der Hebräer hilft nicht nur, den Bau von Achtetaton zu beschleunigen, sondern dient auch dazu, unauffällig neue Kämpfer ins Land zu schmuggeln. Supilul verleibt derweil seinem Imperium ein Nachbarland nach dem anderen ein. Echnaton, dessen ganzer Charakter sich durch den Betrug Nofretetes und Thutmosis zum Aggressiven hin verändert, treibt den Neubau der Stadt Achetaton voran, obwohl auch sein Herz augenscheinlich schwächer wird. Nofretete zeigt sich indes als starke Frau und führt die Regierungsgeschäfte in Theben weiter. Als öffentlich wird, dass Nofretete ihren Mann und Pharao mit dessen Freund und Vertrauen Thutmosis während des Entstehungsprozesses der Büste betrügt, muss Echnaton beide zum Tode verurteilen. Doch diesem erliegt er vor Vollstreckung des Urteils selbst; Echnaton erfährt noch, dass keine Herzschwäche für den Tod seines Vaters und seines eigenen Zustands verantwortlich war, sondern das schleichende Gift der Hohepriesterin Eje. Aber in den verbleibenden Minuten seines ausklingenden Lebens kann Echnaton nicht mehr verhindern, dass der durch Ahmosis‘ Hilfe aus der Haft freigekommene Thutmosis des Giftmordes an Echnaton beschuldigt wird. Supilul trifft jetzt die Entscheidungen: Nofretete kann nicht anders, als der Forderung des Nubierkönigs und Ejes nachzugeben, den Königsmörder hinzurichten. Es zerreißt ihr das Herz, als sie Thutmosis bei lebendigem Leibe einmauern lassen und dabei zusehen muss. Doch der Plan Ejes, selbst Pharaonin zu werden, wird von Supilul nicht mitgetragen. Er setzt seinen Erstgeborenen Zannanza ein. Eje läßt diesen daraufhin ermorden. Neue Kraft gewinnt Nofretete dadurch, dass sich das Rätsel um ihre Herkunft löst. Durch den Mord an Zannanza verliert Eje Supiluls Unterstützung und Nofretete beginnt damit, sich erbarmungslos an der Mörderin Echnatons und Thutmosis‘ zu rächen. Es kommt zum finalen Kampf um Ägypten, den Nofretete zwar gewinnt und Eje mit dem Leben bezahlt, doch da Nofretete nichts geblieben ist außer ihrer Kinder, verlässt sie Achetaton für immer und verschwindet in der Wüste. Nur die wunderschöne Büste bleibt zurück.
